TL;DR
- my.cnfに書いてある
ledirの行を消す - 今までmy.cnfに書いてあった
ledirはmysqld_safeにコマンドラインオプションとして渡す- ex.
mysqld_safe --defaults-file=/data/mysql/my.cnf --ledir=/usr/local/mysql/bin
- ex.
パッケージもの以外のMySQLで、
mysqld_safeを起動した時に↓のように言われることがある。mysqld_safe --ledir option can only be used as command line option, found in config file
読んでそのまま、
ledirはコマンドラインオプション（ mysqld_safe --ledir=..の形式）で渡さなければいけないのに、コンフィグファイルから ledirの項目が見つかった、という意味。MySQL 5.5.55とそれ以降、MySQL 5.6.36とそれ以降、MySQL 5.7.17とそれ以降がこのエラーを吐く。
対応するコミットはこちら。
CVE-2016-6662に関連する何かかと思ったら何の関係もなさそうな時期だった。